雖然不定根的發生似乎大部份係為生化因子,然解剖構造上的不同亦會影響發根的難易。
連續性厚壁組織環:
介於韌皮部與皮層間的厚壁組織環,在外觀上係為不定根發生的地方,如係為一連續性,則含有一解剖上的阻礙根發展現象,例如橄欖樹的莖插穗,如為連續性厚壁組織環(continuous sclerenchymaring),則屬不易發根型,而易發根型者則具不連續性之厚壁組織環。然並非具有不連續性之厚壁組織環者,其發根即容易,可能尚有其他因素使其發根困難。因此有學者認為發根的容易與否與遺傳潛能及生理狀況的關係性大過於厚壁組織環的機械阻力。
莖的構造或組織的關係:
有些莖的構造或組織的關係似乎較易使根原體的始生較為有利,例如Citrus media(柑橘屬)的插穗扦插後於短時間內即沿者莖邊長出許多根,但另一難發根之枳實則需幾星期後才在基部長出少數根,如將兩者互取一段莖皮接於對方之植株上,而必使能具傳導作用(即葉片之流動物質可通過),經扦插結果如下圖所示。此即表示葉之發根物質雖可傳導而下,但因莖構造與組織之不同,不易發根者,仍不易發根。
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